Primeiramente, suas prestações devem estar criadas para a criação dos boletos. Clique em boletos, segue abaixo imagem.

Na próxima tela, o primeiro passo é criar uma remessa dando dois cliques em qualquer remessa ou mesmo na tela em branco e dando um Novo.

Após criar uma nova remessa, dê dois cliques na tabela abaixo e filtre as prestações desejadas. Segue abaixo imagem.

Pode-se filtrar de várias formas, mas para filtrar uma prestação específica, quanto mais informações mais precisa será a pesquisa. Clique em Todos e depois Ver Itens. Clique em incluir Títulos no Arquivo de Remessa.
Vá para a aba Boletos Remessa, onde estará as prestações incluídas. Segue imagem. Verifique todas as prestações incluídas e se for preciso excluir alguma que não pode estar na remessa, é só marcar a opção Tirar Título e dar dois cliques na na prestação que deve ser excluída.

O próximo passo é gerar o Nosso Número. Depois clique em Remessa, para gerar a remessa a ser enviada para o banco. Para visualizar e salvar os boletos é só clicar em Visualizar.