O passo-a-passo para gerar uma MDF-e inicia:
1) Em Gerar MDF-e.
2) Selecione o Veículo, clicando no campo determinado e clicando F4.
Veja imagem abaixo

3) Selecione todas as NF-es que sairão com o veículo selecionado. Clique nos quadrados em branco para selecionar as notas fiscais.
ATENÇÃO: NÃO É POSSÍVEL CRIAR MAIS DE UM MDF-E POR VEÍCULO. O RETORNO DO ARQUIVO VIRÁ COM ERRO.
4) Clique em Gerar Manifesto. Abrirá uma mensagem, como na imagem a seguir.

O percurso só precisa ser adicionado QUANDO SUA MERCADORIA FOR ENVIADA PARA FORA DO ESTADO DE ORIGEM, caso contrário clique em NÃO.
Se sua mercadoria for enviado um estado diferente do estado de saída da mercadoria, clique em SIM e abrirá a tela onde é necessário informar o(s) estado(s) para onde a mercadoria será encaminhada. Veja a imagem.

Selecione quantos estados for necessário, informando cada estado em que o veículo irá passar. Por exemplo, para uma mercadoria enviada para São Paulo, informa-se: Santa Catarina, Paraná e então São Paulo. Após selecionar o(s) estado(s) clique em Adicionar ou então clique no X para fechar e não adicionar nenhum estado.
5) O próximo passo é Enviar a MDF-e.

Se sua MDF-e for aprovada, já irá abrir o DAMDFE, o documento pronto da MDF-e. Neste momento você já poderá imprimir seu documento para encaminhá-lo com o veículo. Sua DAMDFE passará até a tela das Aprovadas.
Se ocorrer algum erro, o órgão regulador irá retornar com uma mensagem informando a irregularidade. Neste caso é necessário que se inicie uma nova MDF-e.
6) O último passo a ser realizado é o Encerramento da MDF-e.

Quando a mercadoria estiver entregue e todos os processos estiverem finalizados, é necessário Encerrar sua MDF-e, para poder iniciar uma nova entrega com o mesmo veículo. Quando encerrar sua MDF-e ela estará disponível para visualização na aba ENCERRADO. Veja imagem a seguir.

Estará disponível também a opção Cancelar MDF-e, para quando precisar cancelá-la. Só poderão ser canceladas, MDF-es aprovadas, as encerradas não podem ser canceladas.
ATENÇÃO: NÃO CONFUNDA ENCERRADAS COM CANCELADAS. As Encerradas são MDF-es que já saíram com o veículo e foram entregues.